臺大醫院眼科部主治醫師賴佐庭曾接受好健康會刊諮詢時表示，眼底檢查最重要的意義是檢查眼底是否有病變，例如：視網膜剝離、視神經炎、黃斑部病變、青光眼等，尤其，眼睛是全身唯一可以透過肉眼就觀察到血管的地方，因此，在臨床上有許多案例是在眼底檢查中才發現患者還有全身性的疾病，像是高血壓、糖尿病、自體免疫疾病等。有一些病人因為做眼底檢查，意外發現有糖尿病、高血壓、自體免疫疾病等全身性的問題。這是因為高血壓造成的血管變化、動脈硬化，也可以在眼底血管看到相對應的變化，至於糖尿病的視網膜病變則可能看到黃斑部水腫、網膜出血、新生血管甚至玻璃體出血等。

進行眼底檢查時，會使用「眼底鏡」，而眼底鏡又分為直接眼底鏡、間接眼底鏡和眼底攝影機（照相機）三種。眼球的體積很小，因此眼底鏡都有一組有放大功用的透鏡及光源，並且利用反射鏡把光源導入眼睛，再透過凸透鏡或可以調節的鏡子，來調整焦距。
瞳孔在光線強的時候會縮小、光線暗的時候會放大，為了避免眼底檢查鏡發出的光源讓瞳孔縮太小，所以進行眼底檢查前，大多需要點散瞳藥水，讓瞳孔放大。

現在有一種免散瞳的眼底攝影機，在照相的瞬間，也是有一個強光源進入眼睛，然後將反射出來的光源接收起來，將影像留在底片或感光元件上。眼底攝影機之所以可以不用散瞳的原因，在於利用「不可見光」執行照相之前的焦距調整工作。
眼底檢查沒有年齡的限制，就算是新生兒也可以散瞳做眼底檢查。只要懷疑有視網膜、視神經、黃斑部、脈絡膜的疾病，都建議要做眼底檢查，找出相關原因；有糖尿病、高度近視、青光眼的病人，更是要定期追蹤。