接受無痛腸胃鏡檢查，將進行全身麻醉，而身體在麻醉的狀態下，呼吸功能會受到顯著的影響：在藥物的作用之下，呼吸潮氣量變小，氣體交換的效率逐漸變低；肌肉放鬆，橫膈往頭側位移，造成功能性殘氣量（functional residual capacity）減少，呼吸道肌肉張力下降也易造成肺擴張不全，肺泡塌陷，進一步影響血液氧氣的交換。麻醉使呼吸道阻力增加，呼吸道容易阻塞，排痰功能也下降，痰液的蓄積較容易造成後續出現發炎及感染。

整體來說，麻醉對呼吸功能的影響很大，可能造成的缺氧以及肺炎等問題都是麻醉醫師高度重視的狀況。也因此有呼吸道感染狀況的民眾，進行麻醉的風險相對升高；若非有緊急的醫療需求，都建議必須等到病況穩定後再進行麻醉處置。

若非有緊急醫療需求，必須將麻醉檢查時間延後，一般而言有下列狀況就不適合麻醉：
1. 發燒超過38°C
2. 明顯咳嗽
3. 分泌物量多且濃稠：如鼻涕量多，咳嗽有濃黃痰
4. 呼吸音異常
5. 疲勞倦怠沒有胃口等全身性症狀

一般會建議在症狀緩減之後的1〜2週再安排麻醉檢查或手術，以避免呼吸道併發症的出現。